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标准规范

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链霉菌属菌种资源数据标准

链霉菌属菌种资源数据标准(草稿)

起草单位:中国医学科学院医药生物技术研究所

前    言

本规范由科学技术部农村与社会发展司提出。

本规范主要起草人:中国医学科学院医药生物技术研究所 、中国农科院土壤肥料研究所、中国科学院微生物研究所、中国林科院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究所

本规程主要起草人:张月琴、余利岩、刘红宇、张华、连云阳、褚以文、戈梅、姜瑞波、顾金刚、周宇光、程池、朴春根、叶强、陈敏

 

 

引    言

链霉菌属(Streptomyces)是至今放线菌中种类最多,数量最大的一个属,已知种达500多个,广泛分布于自然界。链霉菌是一类具有重要药用价值的微生物,早期发现的抗生素绝大多数是由该属的菌种产生,如抗细菌抗生素链霉素、卡那霉素、红霉素、氯霉素、四环素、新生霉素等,抗真菌抗生素灰黄霉素以及抗肿瘤抗生素柔红霉素、丝裂霉素、平阳霉素等。70年代后,随着疾病相关分子靶标的不断揭示和筛选新模型的不断建立,从链霉菌的代谢产物中又发现了大量传统抗生素以外的药理活性物质,如酶抑制剂,免疫调节剂、受体拮抗剂等。

《链霉菌菌种资源数据标准》是在《链霉菌菌种资源描述规范》的框架下制定的。这些描述规范与数据标准的制定是规范整理、整合、保藏、评价我国现有链霉菌资源,建立统一的数据库的基础,也是促进我国微生物资源社会共享和微生物产业可持续性发展的需要。

 

链霉菌数据库字段描述标准

 

序号

描述符

字段名

字段英文名

字段

类型

字段

长度

字段

小数位

代码

代码英文名

例子

1

平台资源号

平台资源号

Accession number

 文本

18

 

 

 

 

1511C0004000000001

 

2

菌株保藏编号

菌株保藏编号

Catalogue accession number

文本

20

 

 

 

 

CPCC 200145

3

菌株中文名称

菌株中文名称

Scientific name in Chinese

文本

30

 

 

 

 

壮观链霉菌

4

学名

学名

Scientific name

文本

50

 

 

 

 

S.spectabilis

5

分类地位

分类地位

Lineage

文本

225

 

 

 

 

 

6

资源归类编号

资源归类编号

Category code of resources

数字

11

 

 

 

 

 

7

其它保藏机构编号

其它保藏机构编号

Accession number in other collection 

文本

20

 

 

 

 

 

8

来源历史

来源历史

 Origin history

文本 

225

 

 

 

 

 

9

收藏时间

收藏时间

Collection date

 日期

12

 

 

 

 

1980-06

10

原始编号

原始编号

Original number.

文本  

20

 

 

 

 

B-88

11

原产国或地区

原产国或地区

 Origin country or region 

文本 

30

 

 

 

 

中国

12

模式菌株

模式菌株

Type strain

 选择

12

 

 

1、  模式

2、  非模式菌株

1、type strain

2、non-type strain

 2

13

主要用途

主要用途

Main field of application 

选择

  6

 

 

1、  研究

2、  教学

3、  生产

4、  分类

5、分析检测

6、其它

1、  Research

2、  Education

3、  Production

4、  Taxonomy

5、 Assay 

6、 Others

1, 3

14

具体用途

具体用途

Specific application

文本

225

 

 

 

 

产生大观霉素

15

保藏单位名称

保藏单位名称

Name of collection 

文本

50

 

 

 

 

药用微生物菌种保藏中心

16

 保藏方法

保藏方法

Preservation methods

文本 

50

 

 

1、  液氮

2、  -80℃超低温

3、  真空干燥

4、  矿油覆盖

5、  定期移植

6、  其他

1、  liquid nitrogen

2、  -80℃

3、  freeze-drying

4、  liquid paraffin

5、  time sub-culture

6、  others

3

17

 生物危害程度

生物危害程度

Risk group

选择

40

 

 

1、  一类

2、  二类

3、  三类

4、  四类

5、不清楚

1、  Group I

2、  Group II 

3、  Group III

4、  Group IV

5、  unknown

4

18

分离基物

分离基物

Isolation substance 

文本

30

 

 

 

 

土壤

19

采集地区

采集地区

 Collection area

文本

40

 

 

 

 

云南省丽江县

20

采集地点

采集地点

Collection place

文本

40

 

 

 

 

云南省丽江县丽水河

21

采集地生境

采集地生境

 Sampling-habitat

文本  

50

 

 

 

 

河堤土壤

22

海拔

海拔

Altitude

数字

5

0

m

 

 

 

23

经度

经度

Longitude

数字

6

0

 

 

 

 

24

纬度

纬度

Latitude

数字

5

0

 

 

 

 

25

分离人

分离人

Isolator

文本

20

 

 

 

 

 

26

分离时间

分离时间

Isolator Date

日期

10

 

 

 

 

 

27

鉴定人

鉴定人

Identifier

文本

12

 

 

 

 

余其伟

28

鉴定单位

鉴定单位

Identification institution

文本  

50

 

 

 

 

医药生物技术研究所

29

斜面培养基编号

斜面培养基编号

Slant medium No..

文本

6

0

 

 

 

CM0012

30

培养温度

培养温度

Incubation temperature

 数字

3

0

 

 

28℃

28

形态描述培养基编号

形态描述培养基编号

Medium No. for morphology

数字

6

0

 

 

 

CM0012

29

菌落大小

菌落大小

Colony size

 数字

4

0

mm

 

 

5mm

30

菌落表面状况

菌落表面状况

Surface character of clone

文本

10

 

 

1、  光滑

2、皱褶

3、丛毛状;

4、粉状

5、绒毛状

6、颗粒状

1、  Smooth

2、  Wrinkled

3、  Floccose

4、  Powdery

5、  Velvety

6、  Granular

  2

31

菌落颜色

菌落颜色

Colony color

 文本

10

 

 

 1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、灰红紫

11、灰褐

12、金色

13、黑色

1、  White

2、  Yellow

3、  Green-ash

4、  Pink

5、  Light purple

6、  Cyan

7、  Ashes

8、  Green

9、  Blue

10、Red

11、Brown

12、Gold

13、Black

  2

32

气生菌丝

气生菌丝体

Aerial mycelium

 文本

4

 

 

1、  有

2、  无

1、  present

2、absent

 

33

气生菌丝直径

气生菌丝直径

diameter  of aerial mycelium  

数字

 

 

μm

 

 

       

34

基内菌丝直径

基内菌丝体直径

diameter of substrate mycelium

数字

 

 

μm

 

 

        1

35

基内菌丝颜色

基内菌丝体颜色

Pigmentation of substrate mycelium

(colony reverse) 

文本

10

 

 

1、无色

2、红/橙

3、绿色

4、兰色

5、紫色

1、no colour

2、red/orange

3、green

4、blue

5、violet

        2

36

可溶性色素

可溶性色素

Soluble pigment   

 文本

10

 

 

 1、无  2、红/橙3、黄/褐 4、绿色5、兰色6、紫色

1、  no colour

2、  red/orange 

3、  yellow/brown

4、  green  5、blue

6、 violrt

1

37

孢子丝的形态

孢子丝的形态

Spore chain morphology 

 文本

10

 

 

1、  波曲,

2、  直形,

3、  螺旋状

4、  轮枝状

1、  Rectiflexibiles

2、  Retinaculiaperti

3、  Spirales

4、  Verticillati

3

38

孢子丝链的长短(孢子数)

孢子丝链的长短(孢子数)

 Length of Spore

chain (spore number )

文本

10

 

 

1长链

1、  短链

1、  long chain

2、  short chain

1

39

孢子堆的颜色

孢子堆的颜色

Color of spore mass 

文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

40

孢子形状

孢子形状

Spore form

文本

20

 

 

1:圆形2:椭圆形3:杆状4:柱状

1、roundness,

2、ovel

3、pole

4、column

2

41

孢子表面特征

孢子表面特征

Spore features ornamentation

文本

10

 

 

1、光滑 2、疣状3、刺状4、毛发状 5、皱褶

1、smooth  2、warty

3、  spiny 4、hairy

5、rugose

1

42

 孢子大小

孢子大小

Size of spores 

 数字

7

1

μm

 

 

 

43

培养基1名称

培养基1名称

Medium I 

文本

50

 

 

 

 

ISP2

44

在培养基I上的基丝颜色

在培养基I上的基丝颜色

color of substrate mycelium on medium I

文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

2

45

在培养基I上的孢子堆颜色

在培养基I上的孢子堆颜色

 

Color of spore mass on medium I

 

 文本

20

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

1

46

在培养基I上可溶性色素

在培养基I上可溶性色素

Soluble pigment on medium I

 文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

1

47

培养基II名称

培养基II名称

Medium II 

 文本

50

 

 

 

 

ISP3

48

在培养基II上的基丝颜色 

在培养基II上的基丝颜色 

Color of substrate mycelium on medium II

文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

2

49

在培养基II上的孢子堆颜色

在培养基II上的孢子堆颜色

Color of spore mass on medium II

文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

2

50

在培养基II上可溶性色素

在培养基II上可溶性色素

Soluble pigment on medium II

文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

1

51

培养基III名称

培养基III名称

Medium III 

文本

50

 

 

 

 

ISP4

52

在培养基III上的基丝颜色

在培养基III上的基丝颜色

Color of substrate mycelium on medium III

文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

2

53

在培养基III上的孢子堆颜色

在培养基III上的孢子堆颜色

Color of spore mass on medium  III

文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

1

54

在培养基III上可溶性色素

在培养基III上可溶性色素

Soluble pigment on medium III

文本

10

 

 

1、白色

2、黄色

3、灰绿

4、粉红

5、淡紫

6、青色

7、烬灰

8、绿色

9、蓝色

10、红色

11、褐色

12、金色

13、黑色

1、white

2、yellow

3、green-ash

4、pink

5、light purple

6、cyan

7、ashes

8、green

9、blue

10、red

11、brown

12、gold

13、black

1

55

碳源利用

碳源利用

Use of carbon sources(1%,w/v)

 

 

文本

10

 

 

1、L-阿拉伯糖2、蔗糖3、D-木糖4、meso-肌糖5、D-甘露醇6、L-果糖7、L-鼠李糖8、棉子糖9、甘露糖

10、D-半乳糖 11、D- 乳糖12、海藻糖13、右旋糖苷

1、L-arabinose

1、  sucrose

2、  D-xylose

3、  meso-Inositol

4、  mannitol

5、  D-Fructose

6、  L-Rhamnose

7、  Raffinose

8、  D-mannose

10、D-galactose

11、D-lactose

12、Trehalose

13、Dextran

 

3、4、5、6、8

56

氮源利用

氮源利用

Use of nitrogen sources(0.1%,w/v)

文本

10

 

 

1、DL –α-氨基丁酸2、硝酸钾3、L-半胱氨酸4、L-缬氨酸5、L-苏氨酸6、L-丝氨酸 7、L-苯丙氨酸8、L-组氨酸9、L-精氨酸10、甲硫氨酸 11、L-羟基脯氨酸  

1、    DL–α-Amino-n-butyric acid

2、    Potassium nitrate

3、    L-Cysteine

4、    L-Valine

5、    L-Threonine

6、    L-Serine

7、    L-Phenylalanin

8、    L-Methionine

9、    L-Histidine

10、 L-Arginine

11、 L-Hydroxyproline

 

57

特殊生长因子

 

Special growth factors

文本

50

 

 

 

 

 

58

最适生长温度

 

Optimum temperature for growth

数字

10

0

 

 

28℃

59

温度范围

 

Range of   temperature

数字

20

0

 

 

 

60

最适生长pH

 

Optimum pH

数字

10

1

 

 

 

7.3

61

pH范围

 

Range of pH

数字

20

0

 

 

 

 

62

致病性

致病性

Pathogenicity

文本

30

 

 

 

 

 

63

对盐浓度的耐受性或嗜盐性

对盐浓度的耐受性或嗜盐性

Salinity tolerance or halophilism 

 

 

 

 

 

 

 

64

对抗生素耐药性

对抗生素敏感性

Resistance to antiboitics

μg/ml

50

 

 

1、庆大霉素(100) 2、新霉素(50) 3、链霉素(100) 4、托布霉素(50) 5、利福霉素(50)6、万古霉素(50)7、头孢菌素(100)8、青霉素G(10i.u)

 

 

65

其他生理生化特征

其他生理生化特征

Other physiological features

文本

100

 

 

1、明胶液化 2、牛奶凝固 3、硝酸盐还原4、硫化氢产生 5、黑色素产生

1、gelatin decompo- sed 2、milk digestion 3、nitrate reduction

4、  H2S producing

5、Melanin produ- cing 

2

66

细胞壁型

细胞壁型

 wall chemotype

文本

50

 

 

 胞壁I型

wall chemotype I

I

67

细胞壁DAP型

细胞壁DAP型

 DAP type

文本

20

 

 

DAP L型

LL-DAP

LL-DAP

68

细胞特征性糖

细胞特征性糖

 Diagnostic sugar   

文本

 20

 

 

1、无2、阿拉伯糖3、半乳糖4、木糖

1、no  Diagnostic sugar  2、arabinose

3、galactose 4、xylose 

 

69

磷酸类脂

磷酸类脂

Phospholipids type

 文本

50

 

 

磷酸类脂II型

Phospholipids typeII

 

70

优势醌

优势醌

Predominant MK 

文本

50

 

 

甲基萘醌

MK-9(H6,H8)

 

71

 特征性脂肪酸

 特征性脂肪酸

 Characteristic fatty acid

文本

 

 

 

1、饱和直链脂肪酸2、iso-/anteiso-分枝脂肪酸3、不饱和脂肪酸4、10-甲基分枝脂肪酸

 

 

72

DNA 碱基组成(G+C mol% )

DNA 碱基组成(G+C mol% )

mol% G+C of DNA

 数字

10

0

mol%

 

 

70

73

16S rRNA基因序 列(GenBank注册号)

16S rRNA基因序列(GenBank注册号)

GenBank No.

数字

10

 

 

 

 

 

 

AY921652

74

质粒/基因元件

质粒/基因元件

Plasmids/gene element 

 文本

50

 

 

 

 

 

75

主要代谢产物

主要代谢产物

Main metabolites

 文本

50

 

 

 

 

大观霉素

76

图像信息

图像信息

Image  

数字/链接

 

 

 

图像库

 

 

77

文献信息

文献信息

References

数字/链接

 

 

 

文献库

 

 

78

数据源主键

数据源主键

Data key

文本

 

 

 

 

 

 

 

参考文献

[1] Williams S.T., Sharpe M.E., Holt J.G. Bergey,s Manual of Systematic Bacteriology

Williams & Wilkins, London, 1989

[2] Williams S.T., Goodfellow M., Alderson G., Welliams E.M.H., et.al  Numerical Classification of Streptomyces and Related Genera  Journal of General Microbiology 1983,129.1743-1513 

[3] Hasagawa T, Takizawa M,Tanida S. A  rapid analysis for chemical grouping of aerobic actinomycetes. J Gen Appl Microbiol,1983,29:319-322.

[4]  Lechevalier,M.P.and Lechevalier,H.A. The chemotaxonomy of Actinomycetes. In Actinomycete taxonomy 1980.pp.227-291.Edited by Dietz & Thayer. Society for Industrial Microbiology.Arlington,Va.

[5] Collins,M.D.1985.Isoprenoid quinone analysis in bacterial classification and identification.In Chemical methods in Bacterial systematics,pp.267-287.Edited by M.Goodfelliw & D.E.Minnikin.Academic Press.

[6]阮继生 刘志恒 梁丽糯 杨德成编著 <放线菌研究及应用>  p80-168,科学出版社 1990年 北京