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标准规范

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酵母菌菌种资源数据标准

酵母菌菌种资源数据标准

起草单位:中国食品发酵工业研究院

前    言

本规范由科学技术部农村与社会发展司提出。

本规范起草单位:中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、中国科学院微生物研究所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。

本规范主要起草人:程池、李金霞、姜瑞波、周宇光、朴春根、叶强、张月琴、陈敏等。

 

 

引    言

酵母菌是指那些以芽殖或裂殖方式进行无性繁殖的真菌,其营养阶段主要以单细胞状态存在,有性阶段不形成子实体的,多数为子囊菌,也有部分担子菌。酵母菌是人类最早利用的一类微生物菌种资源,广泛应用于各种酿酒、酱油、制醋、单细胞蛋白、焙烤、生物制药等领域,是微生物学研究及生物技术产业持续发展的重要基础。

制定本规范的目的是在酵母菌菌种资源描述规范和酵母菌数据质量控制规范的框架下构建酵母菌菌种资源的信息数据库,为酵母菌菌种资源的收集、整理、保藏、评价研究和共享工作服务,促进酵母菌产业的可持续性发展。

 

酵母菌菌种资源数据标准

 

描述符

字段名

字段英文名

字段

类型

字段

长度

字段

小数位

单位

代码

代码英文名

例子

  1.  

平台资源号

平台资源号

Accession number

文本

18

 

 

 

 

 

  1.  

菌株保藏编号

菌株保藏编号

Strain number

文本

20

 

 

 

 

 

  1.  

中文名称

中文名称

Chinese name

文本

30

 

 

 

 

 

  1.  

学名

学名

Scientific name

文本

50

 

 

 

 

 

  1.  

其他保藏机构编号

其他保藏机构编号

Accession number in other collection

文本

225

 

 

 

 

 

  1.  

来源历史

来源历史

Origin history

文本

225

 

 

 

 

 

  1.  

原产国或地区

原产国或地区

Origin country or region

文本

30

 

 

 

 

 

  1.  

采集时间

采集时间

Gathering date

日期

10

 

 

 

 

 

  1.  

采集地区

采集地区

Sampling area

文本

30

 

 

 

 

 

  1.  

采集地生境

采集地生境

Sampleing-habit

文本

225

 

 

 

 

 

  1.  

分离人

分离人

Isolator

文本

20

 

 

 

 

 

  1.  

分离时间

分离时间

Isolate date

日期

10

 

 

 

 

 

  1.  

分离基物

分离基物

Isolation substrate

文本

30

 

 

 

 

 

  1.  

鉴定人

鉴定人

Identifier

文本

50

 

 

 

 

 

  1.  

鉴定人所在单位

鉴定人所在单位

Identification institution

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

鉴定时间

鉴定时间

Identification date

文本

10

 

 

 

 

 

  1.  

原始编号

原始编号

Original number

文本

20

 

 

 

 

 

  1.  

收藏时间

收藏时间

Collection date

日期

10

 

 

 

 

 

  1.  

培养基编号

培养基编号

Medium number

文本

8

 

 

 

 

 

  1.  

培养温度

培养温度

Incubate temperature

数字

6

 

 

 

 

  1.  

资源归类编码

资源归类编码

Resource code

数字

11

 

 

 

 

 

  1.  

模式菌株

模式菌株

Type strain

选择

12

 

 

1:模式菌株 

2:非模式菌株

1:Type strain

2:Not type strain

 

 

生物危害程度

生物危害程度

Risk group

选择

8

 

 

1:一类 2:二类

3:三类 4:四类

5:不清楚

1:Group Ⅰ

2:Group Ⅱ

3:Group Ⅲ

4:Group Ⅳ

5:Unknown

 

  1.  

分类地位

分类地位

Taxonomy

文本

225

 

 

 

 

 

  1.  

液体培养宏观特征

宏观特征

Macroscopical characteristic in liquid

文本

225

 

 

 

 

 

  1.  

细胞形状

细胞形状

Cell shape

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

细胞大小

细胞大小

Size of cell

数字

30

2

μm

 

 

 

  1.  

无性繁殖方式

无性繁殖方式

Mode of asexual reproduction

选择

20

 

 

1:芽殖 2:裂殖

3:芽裂殖

4:产生无性孢子 5:其他

1:budding

2:fission

3:bud-fission

4:produce

 asexual spores 5:other

 

  1.  

无性孢子的类型

无性孢子的类型

Type of asexual spore

选择

20

 

 

1:芽生孢子

2:节孢子

3:厚垣孢子

4:掷孢子

5:内生孢子

6:其他

1:blastospore

2:arthrospore

3:chlamydospore

4:ballistospore

5:endospore

6:other

 

  1.  

菌落质地

菌落质地

Colony texture

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

菌落颜色

菌落颜色

Colony color

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

菌落表面

菌落颜色

Colony surface

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

菌落隆起

菌落隆起

Colony elevation

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

菌落边缘

菌落边缘

Colony margin

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

菌丝形态

菌丝形态

Hypha texture

选择

20

 

 

1:真菌丝

2:假菌丝

1:true hyphae

2:pseudohyphae

 

  1.  

有性繁殖方式

有性繁殖方式

Mode of sexual reproduction

选择

20

 

 

1:产子囊孢子

2:产冬孢子

3:其他

1:produce

 ascospore

2:produce

teliospore

3:other

 

  1.  

子囊孢子的数量

子囊孢子的数量

Number of ascospores

数字

2

0

个/子囊

 

 

 

  1.  

子囊孢子的形状

子囊孢子的形状

Shape of ascospores

选择

50

 

 

1:球形

2:卵圆形

3:圆锥形

4:肾形

5:礼帽形

6:土星形

7:针形

8:纺锤形

9:棒状

10:其他

1:globose

2:oviform

3:coniform

4:kidney-shaped

5:hat—shaped

6:saturnoid

7:needoe-shaped

8:spindle-shaped

9:club-shaped

10:other

 

  1.  

子囊孢子的大小

子囊孢子的大小

Size of ascospores

数字

12

 

μm

 

 

 

  1.  

糖发酵试验

糖发酵试验

Fermentation of carbohydrates

 

 

 

 

糖类发酵试验库

 

 

  1.  

碳源同化试验

碳源同化试验

Assimilation of carbon compounds

 

 

 

 

碳源利用库

 

 

  1.  

氮源同化试验

氮源同化试验

Assimilation of nitrogen compounds

 

 

 

 

氮源利用库

 

 

  1.  

无维生素培养基生长状况

无维生素培养基生长状况

Growth in vitamin-free medium

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

依赖维生素特性实验

依赖维生素特性试验

Vitamin requirements

 

 

 

 

维生素试验库

 

 

  1.  

类淀粉化合物的形成

类淀粉化合物的形成

Formation of extracellular amyloid compounds

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

分解脂肪实验

分解脂肪实验

Splitting of fat

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

产酯实验

产酯实验

Ester production

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

产酸实验

产酸实验

Acid production

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

明胶液化实验

明胶液化实验

Gelatin liquefaction

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

尿素分解实验

尿素分解实验

Urea hydrolysis

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

高渗透压生长实验

高渗透压生长试验

Growth in media of high osmotic pressure

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

抗放线菌酮实验

抗放线菌酮实验

Cycloheximide resistance

选择

50

 

 

1:在0.01%放线菌酮培养基中生长

2:在0.1%放线菌酮的培养基上生长

3:不生长

1:growth in 0.01% cycloheximide

2:growth in 0.1% cycloheximide

3:non-growth

 

  1.  

1%乙酸培养基中生长实验

1%乙酸培养基中生长实验

Tolerance of 1%  acetic acid

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

温度实验

温度实验

Test on growth temperature

数字

30

 

 

 

 

 

  1.  

熊果苷裂解试验

熊果苷裂解试验

Splitting of arbutin

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

DBB试验

DBB试验

Diazonium Blue B color reaction

选择

20

 

 

1:阴性

2:阳性

1:negative

2:positive

 

  1.  

G+C mol%

G+C mol%

G+C mol%

数字

30

 

 

 

 

 

  1.  

核酸序列信息

核酸序列信息

Information of nucleic acid sequence

文本

2000

 

 

 

 

 

  1.  

营养缺陷型

营养缺陷型

Auxotroph

文本

200

 

 

 

 

 

  1.  

携带特定用途的基因元器件名称

携带特定用途的基因元器件名称

Gene for specifically use

文本

200

 

 

 

 

 

  1.  

核型信息

核型信息

Information of karyogram

链接

 

 

 

图像库

 

 

  1.  

辅酶Q类型

辅酶Q类型

Coenzyme Q structure

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

主要用途

主要用途

Main field of application

数字

50

 

 

1:分类2:研究

3:教学4:生产

5:分析检测

6:其他

1:classification

2:research

3:teaching

4:production

5:analyse

6:other

 

  1.  

具体用途

具体用途

Specific application

文本

200

 

 

 

 

 

  1.  

主要代谢产物名称

主要代谢产物名称

Name of the main metabolism

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

致病对象

致病对象

Pathogenic object

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

致病名称

致病名称

Name of pathogenesis

文本

100

 

 

 

 

 

  1.  

图像信息

图像信息

Image information

链接

 

 

 

图像库

 

 

  1.  

文献信息

文献信息

Reference

链接

 

 

 

文献库

 

 

  1.  

数据源主键

数据源主键

Data key

文本

9

 

 

 

 

 

 

酵母糖类发酵实验数据标准

序号

描述符

字段名

字段类型

字段长度

字段小数位

单位

代码

1

葡萄糖

Glucose

 

 

 

 

 

2

半乳糖

Galactose

 

 

 

 

 

3

蔗糖

Sucrose

 

 

 

 

 

4

麦芽糖

Maltose

 

 

 

 

 

5

乳糖

Lactose

 

 

 

 

 

6

棉子糖

Raffinose

 

 

 

 

 

7

海藻糖

Trehalose

 

 

 

 

 

 

酵母碳源利用库数据标准

序号

描述符

字段名

字段类型

字段长度

字段小数位

单位

代码

1

D-葡萄糖

D-Glucose

 

 

 

 

 

2

D-半乳糖

D-Galactose

 

 

 

 

 

3

L-山梨糖

L-Sorbose

 

 

 

 

 

4

D-氨基葡萄糖

D-Glucosamine

 

 

 

 

 

5

D-核糖

D-Ribose

 

 

 

 

 

6

D-木糖

D-Xylose

 

 

 

 

 

7

L-阿拉伯糖

L-Arabinose

 

 

 

 

 

8

D-阿拉伯糖

D-Arabinose

 

 

 

 

 

9

L-鼠李糖

L-Rhamnose

 

 

 

 

 

10

蔗糖

Sucrose

 

 

 

 

 

11

麦芽糖

Maltose

 

 

 

 

 

12

α,α-海藻糖

α,α-Trehalose

 

 

 

 

 

13

甲基α-D-吡喃葡萄糖苷

Meα-D-glucoside

 

 

 

 

 

14

纤维二糖

Cellobiose

 

 

 

 

 

15

水杨苷

Salicin

 

 

 

 

 

16

对苯二酚葡萄糖苷

Arbutin

 

 

 

 

 

17

蜜二糖

Melibiose

 

 

 

 

 

18

乳糖

Lactose

 

 

 

 

 

19

棉子糖

Raffinose

 

 

 

 

 

20

松三糖

Melezitose

 

 

 

 

 

21

菊糖

Inulin

 

 

 

 

 

22

淀粉

Starch

 

 

 

 

 

23

甘油

Glycerol

 

 

 

 

 

24

赤藻糖醇

Erythritol

 

 

 

 

 

25

核糖醇

Ribitol

 

 

 

 

 

26

木糖醇

Xylitol

 

 

 

 

 

27

L- 阿拉伯糖醇

L-Arabinitol

 

 

 

 

 

28

D-葡萄糖醇

D-Glucitol

 

 

 

 

 

29

D-甘露糖醇

D-Mannitol

 

 

 

 

 

30

半乳糖醇

Galactitol

 

 

 

 

 

31

肌醇

myo-Inositol

 

 

 

 

 

32

D-葡糖酸-1,5-内酯

D-Glucono-1,5-lactone

 

 

 

 

 

33

2-酮-D-葡萄糖酸盐(或酯)

2-Keto-D-Gluconate

 

 

 

 

 

34

5-酮-D-葡萄糖酸盐(或酯)

5-Keto-D-Gluconate

 

 

 

 

 

35

D-葡萄糖酸盐(或酯)

D-Gluconate

 

 

 

 

 

36

D-葡糖醛酸

D-Glucuronate

 

 

 

 

 

37

D-半乳糖醛酸

D-Galacturonic acid

 

 

 

 

 

38

DL-乳酸盐

DL-Lactate

 

 

 

 

 

39

琥珀酸盐(或酯)

Succinate

 

 

 

 

 

40

柠檬酸盐

Citrate

 

 

 

 

 

41

甲醇

Methanol

 

 

 

 

 

42

乙醇

Ethanol

 

 

 

 

 

43

丙二醇

Propane 1,2 diol

 

 

 

 

 

44

丁烷-1,2-二元醇

Butane 2,3 diol

 

 

 

 

 

45

奎宁酸

Quinic acid

 

 

 

 

 

46

D-葡萄糖二酸

D-glucarate

 

 

 

 

 

47

D-半乳糖酸

D-Galactonate

 

 

 

 

 

 

酵母氮源利用库数据标准

序号

描述符

字段名

字段类型

字段长度

字段小数位

单位

代码

1

硝酸盐

Nitrate

 

 

 

 

 

2

亚硝酸盐

Nitrite

 

 

 

 

 

3

乙胺

Ethylamine

 

 

 

 

 

4

L-赖氨酸

L-Lysine

 

 

 

 

 

5

戊二胺

Cadaverine

 

 

 

 

 

6

肌氨酸

Creatine

 

 

 

 

 

7

肌氨酸酐

Creatinine

 

 

 

 

 

8

氨基葡萄糖

Glucosamine

 

 

 

 

 

9

咪唑

Imidazole

 

 

 

 

 

10

D-色氨酸

D-Tryptophan

 

 

 

 

 

 

酵母维生素利用库数据标准

序号

描述符

字段名

字段类型

字段长度

字段小数位

单位

代码

1

对氨基苯甲酸

p-aminobenzoic acid

 

 

 

 

 

2

生物素

Biotin

 

 

 

 

 

3

叶酸

Folic acid

 

 

 

 

 

4

肌醇

myo-inositol

 

 

 

 

 

5

烟酸

Nicotinic acid

 

 

 

 

 

6

泛酸钙

Pantothenate (Ca)

 

 

 

 

 

7

盐酸吡哆醇

Pyridoxine HCl

 

 

 

 

 

8

核黄素

Riboflavin

 

 

 

 

 

9

盐酸硫胺素

Thiamin HCl