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标准规范

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好氧芽胞细菌菌种资源数据标准

好氧芽孢细菌菌种资源数据标准(草稿)

起草单位:中国科学院微生物研究所

前    言

本规范由科学技术部农村与社会发展司提出。

本规范起草单位:中国科学院微生物研究所、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、中国林业科学研究院森林保护研究所、中国药品生物制品检定所、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国兽医药品监察所、中国食品发酵工业研究院。

本规范主要起草人:周宇光、张向民、姜瑞波、顾金刚、朴春根、叶强、张月琴、陈敏、程池等。

 

 

引    言

本规范规定了构建不同类群好氧、兼性厌氧芽孢细菌菌种资源信息数据库所应包括的基本内容和要求。不适用于专性厌氧生长的芽孢细菌以及化能自养生长的芽孢细菌菌种资源信息库的构建。

 

好氧芽孢细菌菌种资源数据标准

 

序号

代号

描述符

字段名

字段英文名

字段类型

字段长度

单位

代码

代码英文名

例子

 

1

101

拉丁学名

学名

Scientific name

C

100

 

 

 

Bacillus subtilis subsp. subtilis

 

2

102

中文名称

中文名

Scientific name in chinese

C

50

 

 

 

枯草芽孢杆菌枯草亚种

 

3

103

资源归类编码

统一编号

Genus code

C

11

 

 

 

15131311101

 

4

104

菌株保藏编号

保藏编号

Catalogue number/Accession number

C

15

 

 

 

CGMCC 1.1849

 

5

105

其它保藏机构编号

保藏编号

Accession number at other collections

mem

 

 

 

 

=ATCC 6633=DSM 347=IFO 3134=CCRC 10447

 

6

106

来源历史

来源历史

Sample source

C

100

 

 

 

中国药品生物制品检定所

 

7

107

分离人

分离人

Name of collector (isolater)

C

20

 

 

 

 

 

8

108

分离时间

分离时间

Date of isolation

D

8

 

 

 

 

 

9

109

原始编号

原始编号

Collection number

C

20

 

 

 

CMCC(B)63501

 

10

110

鉴定人

鉴定人

Identifier

C

50

 

 

 

 

 

11

111

原产国

原产国

Country of origin

C

30

 

 

 

 

 

12

112

收藏时间

收藏时间

Date of collection

D

8

 

 

 

 

 

13

113

分离基物(源)

分离基物(源)

Substrate

C

20

 

 

 

 

 

14

114

采集地区

采集地区

Locality

C

30

 

 

 

 

 

15

115

生物危害程度

生物危害等级

Biosafty level

C

4

 

 

 

四类

 

16

116

培养基

培养基

Culture medium

N

4

 

 

 

0002

 

17

117

是否模式菌株

模式菌株

Type strain

C

1

 

 

 

 

 

18

118

培养温度

培养温度

Temperature of incubation

C

6

 

 

30

 

19

201

革兰氏染色反应

革兰氏阳性

Gram stain positive

C

1

 

 

 

+

 

20

202

细胞形状

杆状

Bacillary

C

1

 

 

 

+

 

序号

代号

描述符

字段名

字段英文名

字段类型

字段长度

单位

代码

代码英文名

例子

 

21

203

细胞形状

球状

Globose

C

1

 

 

 

-

 

22

204

细胞直径是否大于1微米

细胞直径大于1微米

Cell diameter

C

1

 

 

 

-

 

23

205

形成内生芽孢

形成芽孢

Endospores produced

C

1

 

 

 

+

 

24

206

有无伴孢晶体

有伴孢晶体

Parasporal crystals

C

1

 

 

 

-

 

25

207

内生芽孢的形状

内生芽孢圆形

Spore globose

C

1

 

 

 

-

 

26

208

孢囊是否膨大

孢囊膨大

Sporangium swollen

C

1

 

 

 

-

 

27

209

是否形成液泡

形成液泡

Vacuole

C

1

 

 

 

-

 

28

301

需氧性

兼性厌氧生长 

Facultative aerobe

C

1

 

 

 

-

 

29

302

需氧性

微好氧生长

Microaerophilic

C

1

 

 

 

-

 

30

303

需氧性

严格好氧

Strict aerobe

C

1

 

 

 

+

 

31

304

生长温度5℃

生长温度5℃

Growth at 5℃

C

1

 

 

 

 

 

32

305

生长温度10℃

生长温度10℃

Growth at 10℃

C

1

 

 

 

 

 

33

306

生长温度20℃

生长温度20℃

Growth at 20℃

C

1

 

 

 

 

 

34

307

生长温度30℃

生长温度30℃

Growth at 30℃

C

1

 

 

 

 

 

35

308

生长温度40℃

生长温度40℃

Growth at 40℃

C

1

 

 

 

 

 

36

309

生长温度50℃

生长温度50℃

Growth at 50℃

C

1

 

 

 

+

 

37

310

生长温度55℃

生长温度55℃

Growth at 55℃

C

1

 

 

 

 

 

38

311

生长温度65℃

生长温度65℃

Growth at 65℃

C

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

序号

代号

描述符

字段名

字段英文名

字段类型

字段长度

单位

代码

代码英文名

例子

 

39

312

生长NaCl浓度2%

生长NaCl浓度2%

Growth in NaCl 2%

C

1

 

 

 

 

 

40

313

生长NaCl浓度5%

生长NaCl浓度5%

Growth in NaCl 5%

C

1

 

 

 

 

 

41

314

生长NaCl浓度7%

生长NaCl浓度7%

Growth in NaCl 7%

C

1

 

 

 

+

 

42

315

生长NaCl浓度10%

生长NaCl浓度10%

Growth in NaCl 10%

C

1

 

 

 

 

 

43

316

生长NaCl浓度15%

生长NaCl浓度15%

Growth in NaCl 15%

C

1

 

 

 

 

 

44

317

生长NaCl浓度20%

生长NaCl浓度20%

Growth in NaCl 20%

C

1

 

 

 

 

 

45

318

生长pH3.0

生长pH3.0

Growth at pH3.0

C

1

 

 

 

 

 

46

319

生长pH5.5

生长pH5.5

Growth at pH5.5

C

1

 

 

 

 

 

47

320

生长pH5.7

生长pH5.7

Growth at pH5.7

C

1

 

 

 

+

 

48

321

生长pH6.8

生长pH6.8

Growth at pH6.8

C

1

 

 

 

 

 

49

322

生长pH9.0

生长pH9.0

Growth at pH9.0

C

1

 

 

 

 

 

50

323

生长pH10.0

生长pH10.0

Growth at pH10.0

C

1

 

 

 

 

 

51

324

生长需要Na/Mg离子

生长需要Na/Mg离子

Na+/Mg2+ is required for growth

C

1

 

 

 

-

 

52

325

0.001%溶菌酶生长

0.001%溶菌酶生长

Growth with 0.001% lysozyme

C

1

 

 

 

 

 

53

401

接触酶

接触酶

Catalase

C

1

 

 

 

+

 

序号

代号

描述符

字段名

字段英文名

字段类型

字段长度

单位

代码

代码英文名

例子

 

54

402

氧化酶

氧化酶

Oxidase

C

1

 

 

 

+

 

55

403

卵磷脂酶

卵磷脂酶

Egg-yolk lecithinase

C

1

 

 

 

 

 

56

404

精氨酸双水解酶的测定

精氨酸双水解酶

Arginine dihydrolase

C

1

 

 

 

 

 

57

405

脲酶

脲酶

Urease

C

1

 

 

 

 

 

58

406

VP反应

VP反应

VP test

C

1

 

 

 

+

 

59

407

硝酸盐还原

硝酸盐还原

Nitrate reduced to nitrite

C

1

 

 

 

 

 

60

408

VP终pH>7

VP终pH>7

pH in VP broth >7

C

1

 

 

 

-

 

61

409

VP终pH<6

VP终pH<6

pH in VP broth <6

C

1

 

 

 

+

 

62

410

反硝化(产气)

反硝化(产气)

Denitrification

C

1

 

 

 

 

 

63

411

产生H2S

产生H2S 试验

Production of H2S

C

1

 

 

 

 

 

64

412

产生吲哚

产生吲哚

Production of indole

C

1

 

 

 

 

 

65

413

ONPG

ONPG

ONPG

C

1

 

 

 

 

 

66

414

葡萄糖产气

葡萄糖产气

Gas from glucose

C

1

 

 

 

-

 

67

415

葡萄糖产酸

葡萄糖产酸

Acid from glucose

C

1

 

 

 

+

 

68

416

阿拉伯糖产酸

阿拉伯糖产酸

Acid from Arbinose

C

1

 

 

 

+

 

69

417

棉籽糖产酸

棉籽糖产酸

Acid from raffinase

C

1

 

 

 

 

 

70

418

蔗糖产酸

蔗糖产酸

Acid from sucrose

C

1

 

 

 

 

 

71

419

甘露醇产酸

甘露醇产酸

Acid from mannitol

C

1

 

 

 

+

 

72

420

海藻糖产酸

海藻糖产酸

Acid from trehalose

C

1

 

 

 

 

 

73

421

木糖产酸

木糖产酸

Acid from xylose

C

1

 

 

 

+

 

74

422

半乳糖产酸

半乳糖产酸

Acid from galactose

C

1

 

 

 

 

 

75

423

甘油产酸

甘油产酸

Acid from glycerol

C

1

 

 

 

 

 

序号

代号

描述符

字段名

字段英文名

字段类型

字段长度

单位

代码

代码英文名

例子

 

76

424

果糖产酸

果糖产酸

Acid from fructose

C

1

 

 

 

 

 

77

425

麦芽糖产酸

麦芽糖产酸

Acid from maltase

C

1

 

 

 

 

 

78

426

乳糖产酸

乳糖产酸

Acid from lactose

C

1

 

 

 

 

 

79

427

七叶灵水解

七叶灵

Hydrolysis of esculin

C

1

 

 

 

 

 

80

428

水解酪朊

水解酪朊

Hydrolysis of casein

C

1

 

 

 

+

 

81

429

水解明胶

水解明胶

Hydrolysis of gelatin

C

1

 

 

 

+

 

82

430

水解淀粉

水解淀粉

Hydrolysis of starch

C

1

 

 

 

+

 

83

431

水解吐温80

水解吐温80

Hydrolysis of tween 80

C

1

 

 

 

 

 

84

432

分解木质素

分解木质素

Decomposition of lignin

C

1

 

 

 

 

 

85

433

分解酪氨酸

分解酪氨酸

Decomposition of tyrosine

C

1

 

 

 

 

 

86

434

分解硫胺素

分解硫胺素

Decomposition of thiamine

C

1

 

 

 

 

 

87

435

利用柠檬酸盐

利用柠檬酸盐

Utilization of citrate

C

1

 

 

 

+

 

88

436

利用丙酸盐

利用丙酸盐

Utilization of propionate

C

1

 

 

 

 

 

89

437

利用乙酸盐

利用乙酸盐

Utilization of acetate

C

1

 

 

 

 

 

90

501

主要脂肪酸

主要脂肪酸

Main fatty acids

C

20

 

 

 

anteiso-C14, iso-C15

 

91

502

细胞壁二氨基酸

细胞壁二氨基酸

Major peptidoglycan diamino acid

C

20

 

 

 

 

 

92

503

MK-6

MK-6

MK-6

C

1

 

 

 

-

 

93

504

MK-7

MK-7

MK-7

C

1

 

 

 

+

 

94

505

MK-8

MK-8

MK-8

C

1

 

 

 

-

 

95

506

MK-9

MK-9

MK-9

C

1

 

 

 

-

 

96

601

G+C mol%

G+C mol%

G+C mol%

C

5

 

 

 

42.9

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

序号

代号

描述符

字段名

字段英文名

字段类型

字段长度

单位

代码

代码英文名

例子

 

97

602

BREV 174F探针杂交

BREV 174F探针杂交

BREV 174F probe hybridization

C

1

 

 

 

 

 

98

603

ANEU 506F探针杂交

ANEU 506F探针杂交

ANEU 506F probe hybridization

C

1

 

 

 

 

 

99

604

PAEN 515F探针杂交

PAEN 515F探针杂交

PAEN 515F probe hybridization

C

1

 

 

 

 

 

100

605

16S rRNA基因序列

16S rRNA基因序列

16S rRNA  gene sequence

mem

 

 

 

 

 

 

101

701

血清学反应

血清学反应

Seroreaction

C

5

 

 

 

 

 

102

702

是否致病菌或条件致病菌,引起何种疾病

是否致病菌或条件致病菌,引起何种疾病

Pathogenicity

mem