中国工业微生物菌种保藏管理中心隶属于中国食品发酵工业研究院，该院是我国食品行业中唯一一家中央级大型科研机构，成立于1955年，是国内历史最久，规模最大的食品工业和发酵工业科研机构，中国食品发酵工业研究院肩负着我国食品发酵行业技术创新的重任，主要从事食品、发酵和生物技术的研究开发及产业化。

　　中国食品发酵工业研究院是我国食品行业中重要的技术支撑平台，2000年被确立为我国食品工业技术创新基地。中国食品发酵工业研究院拥有中国工业微生物菌种保藏管理中心、国家食品质量监督检测中心、全国食品发酵标准化中心、全国食品发酵工业科技情报信息中心、劳动及社会保障部啤酒行业培训中心等国家级技术和行业中心。

　　中国食品发酵工业研究院注册资金2015万元，固定资产7554万元，占地面积16765m2，办公楼、实验室、厂房26000m2，拥有大、中型试验设备70台套，2003-2004年研究院投入600万元用于改善院内办公和试验环境，国家发改委投入800万元用于更新研究院各种仪器设备。

　　本院拥有雄厚的技术力量，现有职工135名，其中2/3以上具有中高级技术职称，拥有一大批行业内知名专家学者。

　　建院50年来取得了600余项国家级和省部级重要科研成果，其中56项获国家级奖励，120项获部级奖励，获得专利10余项；很多技术已经达到国内和国际的先进水平，并先后向全国1000多个厂家进行了新产品、新工艺的技术推广服务，如衣康酸发酵技术和菌种出口美国，纳豆生产技术及菌种转让北京燕京啤酒集团公司；编辑出版的《食品发酵工业》等期刊在行业内享有盛誉。中国食品发酵工业研究院的技术研究和开发工作累计创造社会产值已达数千亿元，为我国食品和发酵工业的建立和发展做出过重大贡献。

　　中国食品发酵工业研究院长期挂靠的学术组织有：中国食品科技学会儿童食品分会、中国微生物学会工业微生物专业委员会、中国食品科技学会酶制剂专业委员会、中国发酵工业协会酶制剂分会、中国食品科技学会矿泉水分会，为推动行业管理、技术进步、经验交流起到了积极作用。