中国食品发酵工业研究院是我国最早从事工业微生物菌种资源保藏管理的科学研究机构。
中国食品发酵工业研究院是我国最早从事工业微生物菌种资源保藏管理的科学研究机构。1953年，在原上海工业实验所组建了工业微生物菌种保藏小组，1956年，开始研究开发先进的微生物菌种冷冻干燥真空保藏技术方法，1958年，菌种保藏小组随轻工业部发酵工业科学研究所迁入北京，建立健全了工业微生物菌种保藏的各项管理制度和技术方法，建立了较为完备的菌种保藏管理程序和系统，并在国内确立了工业微生物菌种保藏管理的中心地位。
1979年，中国工业微生物菌种保藏管理中心（CICC）正式成立，并在全国八个省市建立了八个菌种分站，构成了全国性的工业微生物菌种资源保藏管理网络，奠定了我国工业微生物菌种资源保护与管理的基础。
CICC曾对我国工业微生物菌种资源进行了全面系统的调查和收集，完成了资源的整理、鉴定和编目工作，建立了中国工业微生物菌种资源和档案库，结束了我国工业微生物菌种来源不清，分类混乱，分散保藏，重复管理的局面，为我国工业微生物资源保护和利用做出了重大贡献。CICC主持的“工业微生物菌种分类鉴定命名编目的研究” 部重点科研项目于1987年获轻工业部科技进步二等奖，各分课题还获得1984年北京二商局科技成果二等奖、1985年上海市食品工业公司二等奖和1985年天津市科技进步三等奖。
1984－1986年，CICC主持了轻工业部科技发展基金项目《酒类、酱油霉菌和酵母菌生产性能测定的研究》，对868株酒类、酱油类霉菌及酵母菌的生产性能作了系统的测定和筛选，根据不同用途再分别进行了近40项生产性能的测定，取得测定数据约6000个，基本上摸清了重要生产性能的主要参数，并从中筛选出近百株有特性和具有一定适用价值的菌种。这是CICC一项重要的应用基础研究工作，对菌种的科学化管理，开发利用菌种资源，为生产菌种的更新换代提供了可靠的科学依据，在为科研和教学提供实验材料及同国外进行交流等方面，都具有重要的科学、经济和社会意义。
1990-1992年，CICC承担原轻工业部科技发展基金项目“食品工业微生物数据库的研制”，研究开发出我国第一个在食品工业微生物菌种保藏领域使用的专业数据库管理系统，填补了国内食品领域工业微生物菌种保藏管理数据库的空白，为工业微生物菌种资源的科学化管理和国内外交流创造了有利条件。该数据库包括工业微生物菌种目录库、保藏管理库、保藏技术库、菌种发放库以及专业工作行政管理库等五个子库。数据库项目完整，数据可靠，能适应保藏工作实现科学化、现代管理的要求。
50多年来，工业微生物菌种保藏中心的机构建设一直受到研究院的高度重视，秦含章、王薇青、莫湘筠、唐尔明等研究院和中心负责人不仅都是领域内的学科带头人，而且在专业领域也都有显著建树。CICC作为我国工业微生物菌种资源管理领域的核心机构，培养了大批从事工业微生物资源研究和产业开发的高素质人材，为我国工业微生物产业发展做出了巨大贡献。
2000年以后，CICC加快了国家级工业微生物菌种资源机构的建设步伐，对机构设置、人才结构、业务范围、产品系列和发展方向进行了重新规划，对仪器装备进行了全面的升级改造，建立了分子生物学菌种鉴定实验室，引进了国际先进微生物菌种鉴定分析系统，完善了液氮超低温保藏设施和低温备份菌种库，在保藏、鉴定和共享网络等3个方面实现了工业微生物菌种资源的科学化管理和社会共享。
2001年，CICC创建中国工业微生物菌种资源网（www.china-cicc.org），在国内率先实现了菌种资源的网上共享；2002年，搭建国际工业微生物菌种资源交流平台，为国内企业和科研机构提供国际微生物菌种的委托引进服务，目前已建立了国际质量控制与检测用标准菌株、科研用基础菌株的国内最为高效畅通引进渠道，树立了良好信誉；2004年，CICC承担科技部国家工业微生物菌种资源平台建设和共享试点项目，负责全国工业微生物资源的标准化整理、整合和共享平台建设，重新牵头组织恢复了我国工业微生物菌种资源的共享网络，有效促进了工业微生物菌种资源的社会共享和利用。
